Как образовательное учреждение Александринская школа (ныне — средняя школа №359) была основана в 1835 г. купцами первой гильдии братьями Егоровыми и построена по проекту архитектора А. Ф. Щедрина (1786–1847). С момента основания в школу принимались дети от 7 до 12 лет купеческого, мещанского и ремесленного сословия христианских вероисповеданий.

В 1845–46 годах в пользу воспитанников учебного заведения был составлен особый капитал, названный Александринским, на процент с которого ежегодно в день рождения императрицы выдавалось значительное приданое воспитанницам школы, выходящим замуж. Учебными предметами были Закон Божий, Священная история, Чтение, Чистописание, Русская грамматика, Арифметика. Обучение воспитанников велось по популярной в то время английской ланкастерской системе. Суть ее состояла в том, что старшие и более успевающие ученики под руководством учителей занимались с остальными. В начале XX века в связи с увеличением числа воспитанников была проведена реконструкция здания школы. Автором проекта был известный петербургский архитектор В. А. Косяков(1862–1921), директор Института гражданских инженеров. Работы велись с 1905 по 1908 гг. Торжественное освящение новых помещений состоялось 7 декабря 1908 г.

В 1912 г. Александринская школа была преобразована в 7-классное коммерческое женское училище, а с ноября 1917 г. —   в школу № 98 для фабрично-заводских детей, а затем в школу № 11, действовавшую до 1935 г.

В 1935 г. приказом областного отдела народного образования школа была переименована в среднюю школу №359.

С сентября 1941 г. по сентябрь 1942 г. занятия не проводились. На базе школы был создан профилакторий-стационар для учителей и учащихся, ослабленных блокадой. С сентября 1942 г. вновь начались занятия. Учителя и учащиеся дежурили во время авиационных налетов и артобстрелов, заготавливали дрова, убирали территорию. Среди первых награжденных медалью «За оборону Ленинграда» были учителя и ученики школы №359.

В сентябре 1943 года школа была преобразована в женскую среднюю школу и в этом статусе работала до 1955 года. С 1955 года школа вновь стала объединенной средней школой. В это время в школе существовал хор, насчитывающий свыше 200 человек. Помимо хора, в школе было много солистов и ансамблей, руководителями которых были не только педагоги-профессионалы, но и увлеченные старшеклассники.

В 60-е годы внеурочная жизнь в школе бурлила, благодаря работе множества кружков технического творчества, изобразительного искусства, спортивных секций. В результате совместной деятельности учителей и учеников были созданы уникальные технические модели. Они были представлены к наградам ВДНХ, а макет крейсера «Аврора» отправлен в кругосветное путешествие, организованное ВДНХ в 1967 году. В 70-е годы среди молодых учителей появилось много выпускников нашей школы. В это время был создан незабываемый литературный клуб, а также появилась школьная агитбригада, ставшая лауреатом городского конкурса.

Долгое время (с 1977 г. по 2013 г.) школа сотрудничала с  СДЮСШОР №1 Фрунзенского района и набирала специализированные спортивные классы. Виды спорта: дзюдо, вольная и греко-римская борьба, художественная гимнастика, спортивные бальные танцы, плавание (спортивное общество«Локомотив»). Уже в 5 классе девочки имели I взрослый разряд по художественной гимнастике, в 10, 11 классах спортсмены выполняли нормативы кандидатов и мастеров спорта России, участвовали в соревнованиях Российского и мирового уровня. Многие выпускники спортивных классов поступали в Академию физической культуры им. П.Ф. Лесгафта. Для учащихся спортивных классов были созданы благоприятные условия для совмещения учебы и спорта (специальное расписание уроков, учитывающее утренние и вечерние тренировки, дополнительные часы консультаций по учебным предметам, бесплатное питание в столовой).

С 2003 года на базе школы работает Центр дополнительного образования (ОДОд), который имеет сеть бесплатных кружков и секций по следующим направлениям: художественному, физкультурно-спортивному, социально-педагогическому, информационно-технологическому.

С 2005/2006 уч. года введена предпрофильная подготовка для учеников 9 классов, включающая предметные, межпредметные и ориентационныные курсы по выбору. Разработана система психолого-педагогической поддержки в период предпрофильной подготовки.

В 2007/2008 уч. году школа была поставлена на капитальный ремонт и реставрацию. Были воссозданы охраняемые ГИОПом такие элементы здания, как фасад, главная лестница, сводчатые потолки, зеркала, фигурные козырьки на входных дверях. В остальном, по отделке внутренних помещений и самому современному оснащению – теперь это действительно школа XXI века.

1 сентября 2008 года Александринская вновь открыла свои двери ученикам, родителям, учителям и многочисленным гостям.

С 2010 года школа является базовой площадкой для проведения регионального этапа Всероссийской олимпиады школьников по искусству (мировой художественной культуре).

В 2015 году школа отметила двойной юбилей: 180 лет Александринской школе и 80 лет школе № 359.

В 2023 году в школе была открыта II площадка по адресу Лиговский пр., д 241